Di Yayasan Anisatusholihah ada beberapa program pendidikan agama islam yang dijalankan untuk beberapa segmen usia, diantaranya adalah :
- Madrasah diniyah : ini pendidikan agama islam untuk anak-anak (usia 5 – 10 tahun). Diselenggarakan setiap hari, jam 14.30, kecuali hari Rabu. Pada program ini, anak-anak selain mendapat pendidikan agama islam, juga setiap anak di fasilitasi seragam dan alat tulis.
- Pengajian Rutin : Pengajian ini rutin dilaksanakan setiap hari, pagi dan malam, dengan peserta remaja sampai dewasa.
- Pengajian Khusus Ibu : Pengajian setiap sabtu, seminggu sekali, diperuntukkan khusus untuk ibu-ibu.
- Ceramah bulanan : acara ini diselenggarakan setiap bulan, minggu kedua, di hari sabtu. Acara diisi dengan ceramah yang menghadirkan ustadz / mubaligh dari luar lingkungan pesantren.
- Pengelolaan Dana Zakat, Infaq, Shodaqoh, Wakaf, maupun Qurban.